En 1994, la cofundadora y Directora General de Academies of Math and Science (AMS), Tatyana Chayka, emigró con su familia desde Uzbekistán durante la disolución de la URSS. Durante sus primeros años en Estados Unidos, buscó una escuela que pudiera ofrecer a su hijo la educación que ella quería para él. Al no encontrar escuelas adecuadas para su hijo, en 2000 decidió aventurarse y, con su socio Sergey Shayevich, fundó la Academia de Matemáticas y Ciencias.

Su visión era crear una escuela que ofreciera una educación superior en matemáticas y ciencias, incorporando al mismo tiempo lenguas extranjeras, música y arte. La Sra. Chayka pretendía crear un programa que le hubiera gustado tener a su hijo, en el que pudiera tomar clases de guitarra, realizar experimentos científicos y recibir instrucción artística profesional sin que sus padres tuvieran que pagar por cada una de estas actividades. El primer año fue duro. Con sólo 30 alumnos durante el primer año, no estaba claro si la escuela llegaría o no al segundo.

Durante esta época de lucha, Cathy Lund, de la Fundación de la Familia Walton, visitó la escuela y vio lo que la Sra. Chayka había visto: la visión de un modelo de escuela de éxito. Gracias a la perseverancia, el trabajo duro, la planificación y una generosa contribución de la Fundación de la Familia Walton, la visión de Tatyana Chayka se hizo realidad: la escuela completó un primer año formidable y obtuvo excelentes resultados para los nuevos alumnos.